针对你提出的问题“民法典上没有查到物流有权扣除商家多发商品”，我首先明确一点：确实，民法典中没有直接规定物流有权扣除商家多发商品的具体条款。接下来，我将从几个角度对这个问题进行详细分析：

1. 法律原则与合同关系：

   • 在法律上，物流公司和商家之间通常是通过运输合同来建立关系的。这份合同会明确双方的权利和义务，包括货物的运输、交付、验收以及费用支付等。
   • 如果商家多发了商品，这通常属于合同履行中的瑕疵或错误。根据合同法的原则，物流公司应当按照合同的约定履行其运输义务，并将货物安全、及时地送达收货人。
   • 除非合同中有明确的约定，否则物流公司通常没有权利自行扣除或处置商家多发的商品。

2. 物流公司的实际操作：

   • 在实际操作中，如果物流公司发现商家多发了商品，通常会及时与商家联系，询问如何处理这些多余的货物。
   • 商家可能会要求物流公司退回多发商品，或者与物流公司协商其他处理方式，如暂时存放、转售给其他客户等。
   • 但无论如何，物流公司都不能擅自扣除或处置这些货物，否则可能构成对商家财产权的侵犯。

3. 法律后果与建议：

   • 如果物流公司擅自扣除了商家多发的商品，商家有权要求物流公司返还货物或赔偿损失。
   • 商家在与物流公司签订运输合同时，应当明确约定双方的权利和义务，特别是关于货物多发、错发等情况的处理方式。
   • 如果发生纠纷，商家可以寻求法律途径来维护自己的合法权益，包括向法院提起诉讼或申请仲裁等。

综上所述，民法典中确实没有直接规定物流有权扣除商家多发商品的具体条款。物流公司在处理这类情况时，应当遵循合同法的原则，与商家进行协商并妥善处理。如果商家遇到类似问题，可以及时与我联系，我将为你提供专业的法律咨询和帮助。