村民可以以承包人为被告，以村集体经济组织为第三人，请求确认承包合同无效。以下是对此问题的详细分析：

一、诉讼主体资格

1. 原告资格：村民作为村集体经济组织的成员，若承包合同的内容或履行直接侵害了其合法权益，如土地承包权益、集体资产收益权等，则该村民与承包合同存在直接利害关系，有权作为原告提起诉讼。

2. 被告与第三人：承包人作为合同的另一方当事人，自然是诉讼的被告。而村集体经济组织作为合同涉及的第三方，且可能与承包合同的效力及后果有直接关系，因此可以列为诉讼的第三人，以便法院在审理过程中全面了解合同情况，作出公正判决。

二、请求确认合同无效的依据

根据《民法典》及相关法律法规，承包合同可能因以下情形而被认定为无效：

1. 合同内容违反法律、行政法规的强制性规定；
2. 合同双方存在恶意串通，损害国家、集体或第三人利益的行为；
3. 一方以欺诈、胁迫手段订立合同，且损害国家利益；
4. 合同以合法形式掩盖非法目的；
5. 合同履行将损害社会公共利益。

村民在提起诉讼时，需举证证明承包合同存在上述无效情形之一或多项，以支持其诉讼请求。

三、诉讼操作与证据收集

1. 诉前准备：村民在提起诉讼前，应尽可能收集相关证据，如合同文本、会议记录、证人证言等，以证明承包合同存在无效情形。

2. 起诉与受理：村民可委托专业律师代理诉讼，或直接向有管辖权的人民法院提交起诉状及证据材料。法院在收到起诉状后，将依法进行审查，并在符合受理条件时立案受理。

3. 审理与判决：法院在审理过程中，将全面审查承包合同的内容、签订过程及履行情况，并根据查明的事实和法律规定作出公正判决。若法院认定承包合同存在无效情形，将判决确认该合同无效。

综上所述，村民在符合一定条件下，完全有权以承包人为被告，以村集体经济组织为第三人，请求确认承包合同无效。在提起诉讼时，村民应充分准备证据材料，并依法进行诉讼操作，以维护自己的合法权益。