关于房屋分离协议超过20年的后果，我们可以从以下几个方面来详细分析：

1. 协议的有效性：

   • 房屋分离协议，作为一种民事协议，其有效性主要取决于协议内容是否真实、合法，以及是否存在可撤销的情形。
   • 只要协议是当事人真实意思的表示，内容不违反法律法规的强制性规定，且没有欺诈、胁迫等可撤销情形，那么无论协议签订了多少年，它都是有效的。

2. 物权变动与登记：

   • 如果房屋分离协议涉及房产等物权的变动，那么自协议生效时，物权即发生变动效力。
   • 但需要注意的是，物权变动未经登记，不得对抗善意第三人。这意味着，虽然协议有效，但如果未进行物权登记，可能会面临一定的法律风险。

3. 诉讼时效与权利保护：

   • 如果因房屋分离协议引发纠纷，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间通常为三年。这三年是从权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。
   • 但是，如果自权利受到损害之日起超过二十年，人民法院原则上不予保护。不过，在特殊情况下，人民法院可以根据权利人的申请决定延长诉讼时效。

综上所述，房屋分离协议超过20年本身，并不必然导致其无效。关键在于协议的合法性、是否存在纠纷以及诉讼时效等相关因素的综合判断。因此，如果你手中有这样一份协议，并且担心其法律效力或可能引发的纠纷，建议你妥善保管协议原件，必要时可以咨询我这样的专业律师，以便更好地维护你的合法权益。