若市场主体不在注册地经营且联系经营者对方拒不配合，您可以向工商管理部门投诉，由工商管理部门依法进行处理。以下是具体的分析：

一. 向工商管理部门投诉

1. 法律依据：根据《公司法》第七条和《公司登记管理条例》第二十九条，公司应当在其登记的经营场所内开展经营活动。如果公司变更住所，应当依法办理变更登记手续。若公司违反规定，未在登记的经营场所开展经营活动，工商管理部门有权进行查处。

2. 投诉流程：

   • 收集证据：您可以先收集相关证据，如公司注册地的照片、经营者的联系方式等，以证明公司未在规定地点经营。
   • 提交投诉：将收集到的证据提交给当地工商管理部门，并详细说明情况。
   • 等待处理：工商管理部门会对您的投诉进行调查，并根据调查结果依法对公司进行处理。

二. 工商管理部门可能的处理措施

1. 责令改正：工商管理部门会责令公司改正其违法行为，要求其在规定的时间内回到注册地经营或办理变更登记手续。

2. 行政处罚：如果公司拒不改正，工商管理部门有权对公司进行行政处罚，如罚款、吊销营业执照等。

三. 法律建议

• 保留证据：在处理此类问题时，请务必保留好相关证据，以便在需要时提供给工商管理部门或法院。
• 及时投诉：如果发现公司存在不在注册地经营的情况，应及时向工商管理部门投诉，以维护市场秩序和您的合法权益。

我建议您先尝试通过工商管理部门进行投诉和处理。如果问题无法得到解决，您还可以考虑通过法律途径进一步维护自己的权益，如向法院提起诉讼。如有进一步需要，您可以继续咨询我。