针对您提出的“临时用地协议使用主体不适格怎么办”的问题，以下是我根据相关政策文件为您提供的详细解答：

首先，我们需要明确临时用地的定义和使用范围。根据自然资源部关于规范临时用地管理的通知，临时用地是指建设项目施工、地质勘查等临时使用，不修建永久性建（构）筑物，使用后可恢复的土地。它具有临时性和可恢复性等特点，并且必须严格遵循相关审批程序和使用规定。

现在，针对使用主体不适格的情况，我们可以从以下几个方面进行分析和处理：

1. 审查使用主体的资格：

   • 确认临时用地申请人是否符合相关法律法规和政策要求，是否具备使用临时用地的合法资格。
   • 如果申请人不具备合法资格，应拒绝其申请，并告知其相关法律法规和政策要求。

2. 核实临时用地协议：

   • 仔细检查临时用地协议，确保协议内容真实、合法、有效。
   • 如果协议中存在使用主体不适格或违反相关法律法规和政策的内容，应要求申请人修改协议或重新签订。

3. 加强监管和执法：

   • 自然资源主管部门应加强对临时用地的监管，定期进行检查和抽查，确保临时用地按照规定使用。
   • 对于违反规定使用临时用地的行为，应依法进行处罚，并责令限期改正。

4. 完善制度和政策：

   • 针对临时用地监管中存在的问题，如审批数据与国土变更调查、卫片执法检查数据衔接缺失等，应进一步完善相关制度和政策。
   • 推动临时用地全面上图入库，加强信息化管理和监督，提高监管效率和准确性。

5. 提供咨询和指导：

   • 对于申请人对临时用地政策和使用规定不了解的情况，自然资源主管部门应提供详细的咨询和指导服务。
   • 帮助申请人理解相关政策要求，确保其能够按照规定正确使用临时用地。

综上所述，处理临时用地协议使用主体不适格的问题需要从多个方面入手，包括审查使用主体资格、核实临时用地协议、加强监管和执法、完善制度和政策以及提供咨询和指导等。通过这些措施的实施，可以有效规范临时用地的管理，保护耕地和土地资源，促进节约集约用地。