做满三个月自离，单位扣工资是否合法，需根据具体情况判断。以下是详细分析：

1. 一般情况下不合法：

   • 法律依据：《中华人民共和国劳动法》第五十条规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这意味着，只要劳动者提供了正常劳动，用人单位就应按时足额支付工资，不得因劳动者自离而无故克扣。
   • 分析：在正常情况下，劳动者自动离职并不构成用人单位克扣其工资的理由。若单位没有合法有效的规章制度规定自离可以扣工资，或者规定不合理，那么扣工资的行为是不合法的。

2. 特殊情况下可能合法：

   • 给用人单位造成损失的情况：
     • 法律依据：《工资支付暂行规定》第十六条及《劳动合同法》第九十条均规定，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可要求劳动者赔偿经济损失，并可从劳动者工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。
     • 分析：若劳动者自离导致用人单位遭受经济损失，如业务中断、资料丢失等，且这些损失能够明确计算，用人单位有权要求劳动者赔偿，并依法从工资中扣除相应部分。但扣除金额需合理，且需遵守法律规定的限额。
   • 违反劳动合同约定或规章制度的情况：
     • 法律依据：《劳动合同法》第二十九条规定，用人单位与劳动者应按照劳动合同的约定全面履行各自义务。若劳动合同或规章制度中明确规定了离职程序及违约责任，且这些规定已告知劳动者，则劳动者自离可能构成违约。
     • 分析：若劳动者违反劳动合同或规章制度中的离职规定，如未提前通知、未办理离职手续等，用人单位可根据合同约定或规章制度对劳动者进行相应处理，包括扣除一定工资作为违约金。但此扣除同样需遵守法律规定的限额，并且规章制度需合法有效。

建议：

• 对于劳动者而言，在离职前应遵守劳动合同和用人单位的规章制度，办理好离职手续，以减少因自离给用人单位造成的损失和纠纷。
• 对于用人单位而言，应依法与劳动者订立书面劳动合同，并明确约定解除劳动合同的条件、程序和违约责任。在扣除劳动者工资时，应确保遵守相关法律法规，避免引发不必要的纠纷。

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