先有批文还是先有协议，并非由《土地管理法》直接规定，而是取决于具体的土地使用情境和法律规定。以下是对这一问题的详细分析：

1. 批文与协议的性质：

   • 批文：通常指政府或相关部门对土地使用、建设等活动的批准文件，具有法律效力和行政约束力。
   • 协议：则是双方或多方就某一事项达成的合意，通常具有合同性质，对签约各方具有法律约束力。

2. 不同情境下的先后顺序：

   • 土地使用权出让：在土地使用权出让过程中，通常先由政府发布出让公告，明确出让条件，然后竞买人提交竞买申请并缴纳保证金。竞买成功后，竞买人与政府签订土地使用权出让合同（协议），并据此办理土地使用权登记，取得土地使用权证书。在此过程中，批文（出让公告及后续批准文件）在前，协议（土地使用权出让合同）在后。
   • 农村土地流转：在农村土地流转中，如农户之间转让土地承包经营权，可能先签订转让协议，明确转让条件、价格等，然后报经发包方（通常是村委会或集体经济组织）同意，并报乡（镇）人民政府农村土地承包管理部门备案。此时，协议在前，而备案或批准文件（可视为批文的一种）在后。但需要注意的是，这种备案或批准并非流转协议的生效要件，只是管理性规定。
   • 其他土地使用情境：在其他土地使用情境中，如建设用地申请、临时用地申请等，也可能存在先提交申请（可视为协议的一种形式），后经政府审批（批文）的情况。

3. 法律规定：

   • 《土地管理法》及相关法律法规并未直接规定批文与协议的具体先后顺序，而是根据具体的土地使用情境和法律规定来确定。
   • 在某些情况下，批文可能是协议生效的前提或条件；而在其他情况下，协议可能先于批文签订，并作为后续审批的依据。

综上所述，先有批文还是先有协议，取决于具体的土地使用情境和法律规定。在实际操作中，应根据具体情况进行判断，并咨询当地土地管理部门或专业律师以获取准确的法律意见。