当您发现已经签字的购房合同补充协议中存在不平等条款时，可以采取以下步骤来维护自己的权益：

一、仔细研读补充协议条款

首先，您需要再次仔细研读补充协议的具体内容，逐字逐句地分析每一条款，特别是那些可能对您产生不利影响的条款。这样可以帮助您明确哪些条款存在不公平之处，以及这些不公平条款对您的具体影响。

二、尝试与开发商协商

在明确了不公平条款后，您可以主动与开发商联系，以理性、客观的态度说明这些不公平条款的问题，并尝试协商修改。在协商过程中，您可以提出自己的合理诉求，并寻求双方都能接受的解决方案。同时，务必保留好所有沟通的记录，如邮件、短信等，以备后续可能需要使用。

三、向主管部门投诉

如果与开发商的协商没有结果，您可以向当地的房地产主管部门反映合同中存在的不公平问题，并请求其介入调解。在投诉时，您需要提供详细的合同资料和之前的沟通记录，以便主管部门能够全面了解情况，并作出公正的调解。

四、寻求法律途径

如果主管部门的调解仍然无法解决问题，您可以考虑通过法律途径来维护自己的权益。根据《民法典》中关于显失公平的规定，您可以向法院申请撤销这份显失公平的协议。在申请时，您需要提供充分的证据来证明签订协议时存在显失公平的情形，如合同条款明显对您不利、对方存在欺诈或胁迫等行为。

五、诉讼中维护权益

如果法院受理了您的申请，您需要在诉讼过程中积极运用手中的证据，全力维护自己的合法权益。法院会根据您提供的证据和实际情况进行审查，一旦认定协议确实显失公平，就会依法撤销这份协议，从而切实保护您的合法权益。

六、注意事项

1. 在整个过程中，保持冷静和理性至关重要。避免采取过激行为或言辞，以免对自己的权益造成不必要的损害。
2. 收集证据时要确保证据的合法性、关联性和真实性。相关的聊天记录、书面文件等都要妥善保存，并尽可能多地收集证人证言来支持您的诉求。
3. 如果您在法律方面不够专业，可以考虑寻求专业律师的帮助。律师能够为您提供更具体的法律建议和指导，帮助您更好地维护自己的权益。

总之，面对购房合同补充协议中的不平等条款，您不必过于慌张。通过仔细研读条款、与开发商协商、向主管部门投诉以及寻求法律途径等方式，您可以有效地维护自己的合法权益。