违反《中华人民共和国发票管理办法》第三十九条的企业不能参加招投标。
一. 分析依据
依据招投标法规：根据《中华人民共和国招标投标法实施条例》第三十四条以及《电子招标投标办法》第二十三条的规定，与招标人存在利害关系可能影响招标公正性的法人、其他组织或者个人，不得参加投标。此条款虽未直接提及发票违法行为，但强调了公正性和合法性是参与招投标的基础。
依据发票管理办法：《中华人民共和国发票管理办法》第三十九条明确规定了发票的合法使用和管理要求，违反该条款意味着企业在财务和税务管理上存在不合规行为。这种不合规行为很可能影响企业的信誉和诚信度，进而影响到其在招投标中的公正性和可靠性。
二. 推理过程
企业信誉受损：违反《中华人民共和国发票管理办法》第三十九条的企业，其财务和税务管理上的不合规行为很可能被公开或记录在案，导致企业信誉受损。
影响招投标公正性：在招投标过程中，招标方会综合考虑投标方的信誉、资质、经验等因素。企业因发票违法行为而受损的信誉，会直接影响其在招投标中的公正性和竞争力。
法规禁止：虽然《中华人民共和国招标投标法实施条例》等法规未直接提及发票违法行为作为禁止投标的条件，但强调了公正性和合法性是参与招投标的基础。违反发票管理办法的企业，在合法性上存在瑕疵，因此不应被允许参与招投标。
三. 总结
综上所述，违反《中华人民共和国发票管理办法》第三十九条的企业，由于其财务和税务管理上的不合规行为导致信誉受损，且可能影响招投标的公正性，因此不能参加招投标。我的观点是，这样的企业应当被排除在招投标之外，以确保招投标的公正性和合法性。如有进一步需要，您可以继续咨询我。