如果发现交通肇事的车主被顶包，并且在事后发现了这一情况，应该按照以下步骤处理：

一、立即报警并告知真相

首先，应该立即向警方报案，并如实告知顶包的情况。无论是肇事者还是顶包者，都应该主动向警方坦白事实，这是争取从轻处理的重要前提。

二、配合警方调查

警方在接到报案后，会进行深入调查，包括勘查事故现场、调取监控录像、收集证人证言等。在此过程中，相关当事人应积极配合警方的工作，提供必要的协助和证据。

三、法律责任认定

1. 肇事者责任：

   • 肇事者需要对事故本身负责，根据事故的严重程度和造成的后果承担相应的法律责任。
   • 如果肇事者存在酒驾、逃逸等违法行为，处罚将会加重。根据情节轻重，可能面临三年以上七年以下的有期徒刑，甚至更严厉的刑罚。

2. 顶包者责任：

   • 顶包行为属于包庇行为，顶包者将因此承担法律责任。
   • 如果事故后果严重构成犯罪，顶包者可能涉嫌包庇罪，面临三年以下有期徒刑、拘役或者管制，情节严重的可能处三年以上十年以下有期徒刑。
   • 如果未构成犯罪，顶包者也可能受到治安管理处罚，如五日至十日拘留，二百元至五百元罚款。

四、保险公司理赔问题

由于存在顶包行为，保险公司有权拒绝进行理赔。这意味着肇事方和顶包方需要自行承担因交通事故所带来的所有损失，包括车辆维修费用、医疗费用、赔偿费用等。

五、建议与总结

1. 主动坦白：建议肇事者和顶包者主动向警方坦白事实，争取从轻处理。
2. 遵守法律：遵守交通法律法规是每个人的责任和义务。在发生交通事故后，应该依法处理，而不是选择逃避或顶包。
3. 珍惜生命：交通事故往往给受害者及其家庭带来巨大的痛苦和损失。因此，我们应该珍惜生命，安全驾驶，避免交通事故的发生。

总之，如果发现交通肇事的车主被顶包，并且事后发现了这一情况，应该立即报警并告知真相，配合警方调查，并承担相应的法律责任。同时，也要提醒广大驾驶员遵守交通法律法规，安全驾驶。