以审计为由扣工程款是否违法，需具体分析该扣款行为是否符合法律规定及合同条款。

一. 合同约定情况

1. 若合同有明确约定：如果工程合同中明确规定了审计的条款，包括审计的范围、程序、以及扣款的标准和条件，那么审计公司按照合同约定的条款进行扣款，是合法的。此时，扣款行为是基于合同双方的合意，并不构成违法。
2. 若合同无明确约定或超出约定范围：如果合同中没有关于审计扣款的明确约定，或者审计公司的扣款行为超出了合同约定的范围，那么该扣款行为就可能构成违约，甚至可能侵害对方的财产权利。在这种情况下，扣款行为是违法的。

二. 法律依据

• 根据《中华人民共和国合同法》的相关规定，合同是双方意思表示一致的产物，合同双方应当严格按照合同约定履行各自的义务。如果一方擅自违反合同约定，就应当承担相应的违约责任。
• 同时，如果审计公司的扣款行为毫无法律依据，且侵害了对方的合法权益，那么还可能触犯《中华人民共和国侵权责任法》的相关规定，需要承担相应的侵权责任。

三. 建议措施

1. 检查合同条款：首先，建议仔细检查工程合同，看是否有关于审计扣款的明确约定。
2. 收集证据：如果认为审计公司的扣款行为存在问题，建议及时收集并保存相关证据，如合同、扣款通知、沟通记录等。
3. 协商或诉讼：在证据充分的情况下，可以先尝试与审计公司进行协商；如果协商无果，可以考虑通过法律途径维护自己的合法权益，包括提起诉讼或申请仲裁等。

我建议，在面临以审计为由的扣款时，务必先仔细审查合同条款，并咨询专业律师以明确自己的法律权益和可能的法律途径。如有进一步需要，您可以继续咨询我。