关于“员工没有遵守公司规章制度是否可以罚款”的问题，我们可以从法律层面、公司规章制度角度以及管理措施建议三个方面来详细解答。
一、法律层面分析
一般情况：
- 根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国行政处罚法》的相关规定，用人单位并非行政执法机关，因此无权对员工的违法行为进行罚款。罚款是行政处罚的种类之一，只能由行使国家行政权力的行政管理机关或者法律授权行使行政权力的机构行使。
- 企业在规章制度中设定的所谓“罚款”条款，如果涉及对员工的直接经济处罚，可能因违反法律规定而无效。
特殊情况：
- 如果员工因故意或重大过失给公司造成了直接经济损失，公司可以依据劳动合同和相关法律规定要求员工进行赔偿。这种赔偿并非罚款，而是基于员工过错行为给企业造成实际损失的一种补偿。
- 赔偿的金额应与员工造成的实际损失相符，并且需要遵循相关法律法规对于赔偿金额的限制。
二、公司规章制度角度分析
规章制度的合法性：
- 公司的规章制度必须经过民主程序制定，内容不得违反法律法规的强制性规定，并已向员工公示或告知。
- 在规章制度中，公司可以设定一些合理的经济处罚措施（如扣款），但这种扣除必须确保不违反法律法规，且扣除后的工资不得低于当地最低工资标准。
合理性判断：
- 经济处罚的金额应当合理，不应明显超出员工违纪行为可能造成的影响或损失。
- 如果处罚金额过高或导致员工工资收入过低，影响其正常生活，这样的规定可能会被认定为不合理，从而不具有法律效力。
三、管理措施建议
教育引导：
- 对于违反规章制度的员工，公司应首先以教育、引导和纠正为主，帮助员工认识到自己的错误，并鼓励其改正。
合法管理：
- 罚款或扣款只能作为一种辅助的管理手段，并且要在合法、合理的框架内进行。公司应确保规章制度的合法性和合理性，避免侵犯员工的合法权益。
其他措施：
- 公司还可以采取其他合法的管理措施，如口头或书面警告、停职、降职、解除劳动合同等，具体应根据违规行为的性质和严重程度来确定。
四、劳动者权益保护
- 如果劳动者遇到公司以罚款名义恶意扣工资的行为，可以依据相关法律法规向劳动行政部门投诉或向劳动争议仲裁机关申请仲裁。
- 劳动者在维护自己权益的过程中，应保留好相关证据，如工资条、劳动合同、规章制度等，以便在需要时提供证明。
综上所述，公司在管理员工时应严格遵守法律法规，确保规章制度的合法性和合理性。对于员工的违规行为，应采取合法、合理的管理措施，并尊重劳动者的合法权益。同时，劳动者也应了解自己的权益和义务，在遇到问题时及时寻求法律帮助。