对于违反《中华人民共和国传染病防治法》规定的医疗机构，将会受到一系列严格的处罚。以下是对此类处罚的详细解释：

一、主要处罚措施

根据《中华人民共和国传染病防治法》(2013年修正本)第六十九条，医疗机构若违反本法规定，存在以下情形之一的，由县级以上人民政府卫生行政部门责令改正，通报批评，给予警告；若造成传染病传播、流行或其他严重后果，对负有责任的主管人员和其他直接责任人员，还将依法给予降级、撤职、开除的处分，并可依法吊销有关责任人员的执业证书；构成犯罪的，依法追究刑事责任：

1. 未按照规定承担本单位的传染病预防、控制工作、医院感染控制任务和责任区域内的传染病预防工作的；
2. 未按照规定报告传染病疫情，或者隐瞒、谎报、缓报传染病疫情的；
3. 发现传染病疫情时，未按照规定对传染病病人、疑似传染病病人提供医疗救护、现场救援、接诊、转诊的，或者拒绝接受转诊的；
4. 未按照规定对本单位内被传染病病原体污染的场所、物品以及医疗废物实施消毒或者无害化处置的；
5. 未按照规定对医疗器械进行消毒，或者对按照规定一次使用的医疗器具未予销毁，再次使用的；
6. 在医疗救治过程中未按照规定保管医学记录资料的；
7. 故意泄露传染病病人、病原携带者、疑似传染病病人、密切接触者涉及个人隐私的有关信息、资料的。

二、处罚程序

卫生行政部门在处罚过程中，将遵循严格的程序，包括受理、立案、调查取证、审查、告知、决定（决策）、送达、执行与结案等环节，确保处罚的公正性和合法性。

三、法律责任

不仅医疗机构需要承担法律责任，卫生行政部门若违反本法规定，如未依法履行传染病疫情通报、报告或者公布职责，或者隐瞒、谎报、缓报传染病疫情等，也将由本级人民政府、上级人民政府卫生行政部门责令改正，通报批评；造成严重后果的，对负有责任的主管人员和其他直接责任人员，依法给予行政处分；构成犯罪的，依法追究刑事责任。

综上所述，医疗机构在传染病防治方面承担着重要责任，必须严格遵守相关法律法规。一旦违反，将面临严重的法律后果。因此，建议医疗机构加强内部管理，完善传染病防治制度，确保各项措施得到有效落实。