在交通事故中，当一方负主要责任，另一方负次要责任时，医药费的承担通常遵循以下原则进行分担：
一、交强险赔偿原则
首先，无论责任大小，交强险都会在其责任限额内（通常为1.8万元，但各地可能有所调整）对医疗费用进行赔偿。如果伤者的医药费在交强险的限额内，那么这部分费用将由对方的交强险全额赔付。
二、超出交强险限额的分担原则
责任比例：若医药费超出了交强险的限额，超出的部分将按照事故责任比例进行分担。一般来说，主要责任方将承担较大比例的费用，次要责任方承担较小比例。具体比例可能因事故情况和当地法规而有所不同，但通常主要责任方承担的比例在70%-90%之间，次要责任方在10%-30%之间。
商业保险报销：伤者自己承担的部分，如果购买了商业保险（如意外险的医疗部分、补充医疗险等），可以通过这些保险进行报销，以减轻个人负担。
三、其他注意事项
医保报销：如果存在第三方赔偿，医保报销的范围和金额可能会受到影响。因此，在处理医药费分担时，需要考虑到医保报销的部分。
后续康复费用：如果伤者因事故需要长期的康复理疗，这部分费用也应按照责任比例进行分担。具体分担方式可以参照医药费的分担原则。
误工费等其他费用：除了医药费，事故还可能导致伤者误工、护理、营养补助等其他费用的产生。这些费用同样需要根据责任比例进行分担，并结合个人实际损失状况以及相关的证据材料来进行精确计算。
综上所述，交通肇事中一方主责一方次责的医药费承担问题，需要根据交强险的赔偿原则、超出限额的分担原则以及其他注意事项来综合确定。在处理过程中，建议双方保持沟通，协商解决，并咨询专业律师或保险公司的意见，以确保处理结果的公正性和合法性。