交通肇事罪致两人死亡且负主责的情况下，一般情况下是需要起诉的，但在某些特定条件下，存在不起诉的可能性。以下是对这一问题的详细分析：

一、一般原则

根据《中华人民共和国刑法》第一百三十三条的规定，违反交通运输管理法规，因而发生重大事故，致人重伤、死亡或者使公私财产遭受重大损失的，处三年以下有期徒刑或者拘役。因此，从一般原则上看，交通肇事罪致两人死亡且负主责构成刑事犯罪，应依法追究刑事责任。

二、不起诉的特定条件

在特定情况下，检察机关可以作出不起诉决定，这些特定条件包括但不限于：

1. 情节显著轻微、危害不大：

   • 如果交通肇事行为虽然造成了死亡结果，但存在特殊情节使得其行为的社会危害性显著轻微，如被害人死亡主要是由于其自身突发疾病，驾驶员正常驾驶且对事故发生没有过错或仅承担极小过错，那么可以不认为是犯罪，从而不起诉。

2. 犯罪已过追诉时效期限：

   • 交通肇事罪的法定最高刑为七年以上有期徒刑。根据《刑法》规定，法定最高刑为五年以上不满十年有期徒刑的，经过十年不再追诉。若案件发生时间久远，超过了追诉时效期限，检察机关会作出不起诉决定。

3. 经特赦令免除刑罚：

   • 这种情况极为罕见，需要有特定的历史背景和法律程序。

4. 酌定不起诉：

   • 如果犯罪嫌疑人具有自首、积极抢救被害人、赔偿被害人近亲属的经济损失并取得谅解等从轻、减轻或者免除处罚的情节，检察机关可能会综合考虑各种因素，认为犯罪情节轻微，不需要判处刑罚或者可以免除刑罚，从而作出不起诉决定。

5. 存疑不起诉：

   • 在交通肇事案件中，如果据以定罪的关键证据存在疑问，无法达到确实、充分的证明标准，检察机关会作出存疑不起诉决定。

三、实际考量

在实际司法操作中，检察机关在决定是否起诉时，会综合考虑多种因素，如事故责任的判定标准、被告人对于自身犯罪事实的承认程度、是否积极与受害者家属协商并承担赔偿责任等。同时，需要注意的是，即使交通肇事致人死亡案件在刑事上被决定不起诉，肇事者仍可能需要承担民事赔偿责任。民事赔偿责任与刑事责任是独立的，不起诉决定仅针对刑事责任的追究，不影响民事赔偿责任的判定。

综上所述，交通肇事罪致两人死亡且负主责的情况下，虽然一般情况下需要起诉，但在特定条件下存在不起诉的可能性。这些特定条件需要严格依法判断，并确保司法公正与公平。如果您或您身边的人面临此类情况，建议尽快咨询专业律师，以便获得更具体的法律建议和指导。