交通事故伤残鉴定两年后仍可进行，但确实可能会面临一些问题。以下是对此情况的详细解答：
一、伤残鉴定的时间要求
伤残鉴定本身并没有严格的时间限制，法律上并未明确禁止在事故发生后两年进行伤残鉴定。然而，从确保鉴定结果的准确性和有效性考虑，通常建议在治疗终结、伤情稳定后及时进行鉴定。
二、两年后鉴定可能面临的问题
伤情变化：事故过去两年后，部分伤情可能已经恢复或发生变化，这可能影响鉴定的准确性。鉴定机构需要对受伤人员的当前伤残情况进行全面、客观的评估，以确保鉴定结果的准确性和公正性。
材料收集：进行伤残鉴定需要准备病历、诊断证明等相关材料。时隔两年，可能存在材料缺失或难以收集的情况。当事人需要尽力提供充分的证据和资料，以支持其鉴定请求。
法律诉讼和赔偿：如果涉及索赔，拖延鉴定可能会影响诉讼时效和赔偿结果。在某些情况下，对方当事人可能会以时间过长、伤情已恢复或变化为由，对鉴定结果提出异议，从而影响赔偿的顺利进行。
三、如何进行鉴定
选择鉴定机构：当事人需要向有资质的鉴定机构提出申请。在选择鉴定机构时，应确保其具有相关领域的专业资质和良好的信誉。
准备相关材料：当事人需要尽力收集并准备病历、诊断证明、事故报告等相关材料。这些材料将有助于鉴定机构对伤残情况进行全面、客观的评估。
配合鉴定过程：在鉴定过程中，当事人需要积极配合鉴定机构的工作，包括接受检查、提供必要的信息等。
综上所述，交通事故伤残鉴定两年后仍可进行，但可能会面临伤情变化、材料收集以及法律诉讼和赔偿等方面的问题。因此，建议当事人在治疗终结、伤情稳定后及时进行鉴定，以确保鉴定结果的准确性和有效性。如果确实需要在两年后进行鉴定，应尽量选择有资质的鉴定机构，并尽力提供充分的证据和资料以支持其鉴定请求。