国家工程违法占地，应依法责令退还非法占用的土地，并可能面临限期改正、治理或拆除、罚款、没收违法所得及建筑物以及承担刑事责任等处理方式。具体分析如下：
一. 责令退还非法占用的土地
- 对于国家工程违法占地，县级以上人民政府土地行政主管部门应首先责令其退还非法占用的土地，这是处理违法占地的首要步骤。
二. 限期改正、治理或拆除
- 责令限期改正或治理：若违法占地情节较轻，如临时占用且破坏程度小，会责令限期改正，恢复土地原状。
- 限期拆除：若违法占地涉及新建建筑物等且违反土地利用总体规划，会责令限期拆除。
三. 罚款
- 根据违法占地的面积、性质、情节等因素，会依法对违法者处以罚款。罚款的具体标准由《土地管理法实施条例》第五十七条明确规定。
四. 没收违法所得及建筑物
- 若因违法占地获得非法收入，会予以没收。同时，若违法建筑符合土地利用总体规划，则可能会被没收归国家所有。
五. 刑事责任
- 若违法占地行为造成农用地大量毁坏等严重后果，可能触犯《刑法》第三百四十二条规定的非法占用农用地罪，需依法承担刑事责任。
六. 其他处理措施
- 发现违法占地行为，县级以上人民政府自然资源主管部门应及时制止并依法立案查处。同时，会遵循“双惩处”原则，既追究转让方责任，又追究受让方责任。对于非法出售占用耕地建的房屋，一律不予登记。对于违法占用永久基本农田建房，一律依法拆除，限期恢复耕种条件。
我建议，在处理国家工程违法占地问题时，应严格遵循法定程序，确保当事人的合法权益得到保障。同时，通过严厉的法律措施，可以有效遏制违法占地行为，维护土地资源的合理利用和管理秩序。如有进一步需要，您可以继续咨询我。