单位在工资表中填写社保补偿金是否合法，需根据具体情况分析。以下是对此问题的详细分析：

一. 社保补偿金的性质与用途

1. 社保补偿金通常用于补偿员工因单位未依法缴纳社保而遭受的损失。
2. 其性质属于对员工的补偿，而非工资的一部分。

二. 工资表的填写规定

1. 工资表应如实反映员工的工资构成及发放情况。
2. 工资表中通常包括基本工资、奖金、津贴等属于工资范畴的款项。

三. 合法性分析

1. 若单位已依法缴纳社保：此时不存在社保补偿金的问题，单位不应在工资表中填写社保补偿金。若填写，可能涉嫌虚假陈述或误导员工，属于不合法行为。

   • 例如，单位已为员工缴纳社保，但仍在工资表中列出社保补偿金，这显然是不合规的。

2. 若单位未依法缴纳社保：单位应与员工协商确定社保补偿金的数额及支付方式，并明确告知员工该款项的性质。在此情况下，虽然社保补偿金不属于工资，但若双方协商一致，并明确在工资表中注明该款项为“社保补偿金”而非工资，则此行为可视为合法。

   • 例如，单位因资金问题暂时无法缴纳社保，与员工协商后决定以社保补偿金的形式进行补偿，并在工资表中明确标注，这种做法在双方协商一致的前提下是合法的。

四. 总结与建议

综上所述，单位在工资表中填写社保补偿金的合法性取决于单位是否已依法缴纳社保以及是否与员工就社保补偿金达成了一致。为避免潜在的法律风险，我建议单位应依法缴纳社保，并在与员工就社保补偿金等问题进行协商时，明确款项的性质及支付方式，确保双方的权益得到保障。如有进一步需要，您可以继续咨询我。