在公司有两个营业执照和两个法人的情况下，确定以哪个公司起诉，首先需要明确以下几个关键点：

1. 明确诉讼主体：

   • 诉讼主体是指参与诉讼活动的当事人，包括原告、被告等。在本案中，需要确定哪个公司作为原告提起诉讼。

2. 分析两个公司的关系：

   • 如果两个公司是完全独立的法人实体，那么它们各自享有独立的诉讼权利，需要根据具体案件情况选择以哪个公司起诉。
   • 如果两个公司之间存在关联关系，如母子公司、兄弟公司等，则需要考虑案件的性质、诉讼目的以及可能产生的法律后果，以确定最合适的诉讼主体。

3. 确定诉讼目的和诉求：

   • 明确诉讼的目的是什么，是为了追讨债务、维护合同权益、还是其他目的。
   • 根据诉讼目的，分析哪个公司作为原告更能有效地实现诉讼目的，并满足诉求。

4. 考虑法律程序和管辖：

   • 不同的公司可能注册在不同的地点，这会影响诉讼的管辖法院。
   • 需要考虑哪个公司的注册地或经营地更便于进行诉讼活动，以及是否有利于案件的审理和执行。

综上所述，选择以哪个公司起诉应综合考虑多个因素，包括诉讼主体资格、两个公司的关系、诉讼目的和诉求、法律程序和管辖等。在具体操作中，建议详细分析案件情况，并咨询专业律师（即我王明磊律师）以获取更具体的法律建议。

如果你能提供更多的案件细节，如两个公司的具体关系、诉讼目的和诉求等，我可以为你提供更具体的分析和建议。