在民间借贷纠纷案正在履行中的情况下，你仍然可以签注港澳通行证。但这里有几个方面需要注意：

1. 法律程序与出行权利：民间借贷纠纷案的法律程序，如诉讼、执行等，通常不会直接影响你申请或签注港澳通行证的权利。这是因为你的出行权利与案件本身是两个相对独立的事项。

2. 财产限制与出境限制：然而，如果案件涉及到财产冻结、查封或你被法院列为失信被执行人等特殊情况，可能会对你的出境产生一定影响。在这些情况下，法院有可能采取限制出境的措施。因此，在申请签注前，建议你先确认自己是否存在上述限制。

3. 案件进展与潜在风险：虽然案件本身不直接影响签注，但考虑到案件可能的进展和潜在风险，如债务追偿、法律判决等，建议你在出行前做好充分准备，并确保你的出行不会给案件的解决带来不利影响。

4. 咨询与执行法院：如果你对案件是否会影响你的出境存在疑问，最直接的方式是咨询执行你案件的法院。法院会根据你的具体情况给出明确的答复。

综上所述，民间借贷纠纷案正在履行中并不会直接阻碍你签注港澳通行证，但你需要考虑到案件可能带来的潜在影响和限制。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。