结论：起诉未被限制高消费的情况下，一般可以正常办理港澳通行证签注，但需结合具体情形判断。以下分情况详细说明：

1. 仅被起诉但未被采取限制高消费措施
   根据《最高人民法院关于限制被执行人高消费及有关消费的若干规定》，限制高消费措施需由法院针对“未履行生效法律文书确定义务”的被执行人作出。若当事人仅被起诉（即诉讼程序中的被告身份），但未进入执行阶段，或虽进入执行阶段但未被法院纳入失信被执行人名单、未被限制高消费，则其出入境自由（包括办理港澳通行证签注）原则上不受影响。此时，当事人可持有效港澳通行证及符合规定的材料（如身份证、照片、相关申请表等）向出入境管理部门申请签注。

2. 虽未被限制高消费，但存在其他限制出入境情形
   需注意，限制出入境的措施不仅限于“限制高消费”。若当事人存在以下情形，即使未被限制高消费，也可能无法办理港澳通行证签注：

   • 被法院采取边控措施：根据《中华人民共和国出境入境管理法》第十二条，中国公民有未了结的民事案件，人民法院可以决定不准出境。若法院已向公安机关出入境管理部门发出《边控对象通知书》，当事人将被限制出境，此时无法办理签注。
     
   • 涉及刑事案件：若当事人因涉嫌犯罪被刑事立案侦查、采取刑事强制措施（如取保候审、监视居住等），或被判处刑罚未执行完毕，根据《出境入境管理法》第十二条，其出境权利将被限制，无法办理签注。
     
   • 其他法定限制情形：如当事人属于国家工作人员或特定岗位人员，需按组织人事管理规定履行审批手续；或存在未履行完毕的行政处罚决定等情形，也可能影响签注办理。

3. 实务建议

   • 核实自身状态：当事人可通过“中国执行信息公开网”查询是否被纳入失信被执行人名单或被限制高消费；通过联系办案法院或公安机关出入境管理部门，确认是否存在边控措施或其他限制出境情形。
     
   • 准备完整材料：若确认无限制出境情形，办理签注时需确保材料齐全（如港澳通行证有效期需超过6个月、无破损等），避免因材料问题被拒。
     
   • 及时沟通异常：若签注申请被拒，可要求出入境管理部门出具书面说明，明确拒绝原因；若认为拒绝理由不成立，可依法申请行政复议或提起行政诉讼。

总结：起诉未被限制高消费本身不直接导致港澳通行证签注受限，但需结合是否被采取边控措施、涉及刑事案件等情形综合判断。建议当事人先核实自身法律状态，再按流程申请签注。如有进一步疑问，可直接向我咨询。