关于“动物死因不明由哪个部门认定”的问题，结论如下：

动物死因不明的认定工作主要由当地动物防疫监督机构负责。

分析说明：

1. 报告与初步诊断：根据《病死及死因不明动物处置办法(试行)》的规定，任何单位和个人发现病死或死因不明动物时，应当立即报告当地动物防疫监督机构。接到报告后，当地动物防疫监督机构应立即派员到现场作初步诊断分析。

2. 采样与确诊：对于不能确定死亡病因的动物，当地动物防疫监督机构应立即采样送县级以上动物防疫监督机构确诊。这一流程确保了动物死因的准确认定。

3. 无害化处理与监管：在对病死及死因不明动物进行采样、诊断等过程中，动物防疫监督机构还负责监督无害化处理工作，如深埋、化制、焚烧等，以防止疫情扩散。

4. 法律责任：根据《中华人民共和国动物防疫法》等相关法律法规，对于违反规定经营、运输、加工病死或死因不明动物的单位和个人，将由县级以上地方人民政府农业农村主管部门或相关执法部门依法进行处罚。

综上所述，动物死因不明的认定工作涉及多个环节和部门，但主要由当地动物防疫监督机构负责。如果您在此方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。