关于医疗机构擅自设立库房如何处罚的问题，以下是我根据相关法律法规给出的详细解答：

结论前置：医疗机构擅自设立库房，将由县级以上食品药品监督管理部门或卫生主管部门责令改正，并处以一定数额的罚款。情节严重的，还可能对直接负责的主管人员和其他直接责任人员给予行政处分，甚至暂停相关医务人员的执业活动。

具体分析：

1. 行政处罚：

   • 根据《医疗器械经营监督管理办法》的相关规定，医疗器械经营企业擅自变更经营场所、库房地址或擅自设立库房的，由县级以上食品药品监督管理部门责令改正，并处以1万元以上5万元以下的罚款。情节严重的，罚款金额将提高至5万元以上10万元以下，甚至10万元以上20万元以下。
   • 同时，《医疗纠纷预防和处理条例》也规定，医疗机构未按规定填写、保管病历资料，或者未按规定补记抢救病历，以及擅自设立库房等违反条例规定的行为，将由县级以上人民政府卫生主管部门责令改正，给予警告，并处1万元以上5万元以下的罚款。

2. 行政处分：

   • 如果情节严重，除了罚款外，还可能对直接负责的主管人员和其他直接责任人员给予降低岗位等级、撤职等行政处分。

3. 执业活动限制：

   • 对有关医务人员，还可能责令暂停1个月以上6个月以下的执业活动。

4. 法律责任主体：

   • 上述处罚的责任主体主要是医疗机构及其相关责任人员。

法律建议：

• 医疗机构应严格遵守相关法律法规，不得擅自设立库房或变更经营场所、库房地址等，以免面临法律处罚。
• 如已存在擅自设立库房的情况，应尽快向相关部门报告并整改，以减轻可能的法律后果。
• 如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我将竭诚为您提供专业的法律服务。