医疗器械经营企业擅自异地设立库房，应由县级以上食品药品监督管理部门责令改正，并处1万元以上3万元以下罚款。

一. 法律依据

依据《医疗器械经营监督管理办法》第五十四条第二款规定，有下列情形之一的，由县级以上食品药品监督管理部门责令改正，处1万元以上3万元以下罚款：医疗器械经营企业擅自变更经营场所或者库房地址、扩大经营范围或者擅自设立库房的。这表明，医疗器械经营企业若擅自异地设立库房，将面临明确的法律处罚。

二. 处罚流程

1. 检查与立案：监管部门在检查中发现或接到举报后，会对涉嫌擅自异地设立库房的医疗器械经营企业进行初步核实，若符合立案条件，将及时立案。
2. 调查与取证：执法人员会出示执法身份证件，表明执法身份，并依法调查和保存证据，包括调查笔录、证据文书等。
3. 告知与决定：在作出行政处罚前，监管部门会告知当事人作出行政处罚决定的事实、理由及依据，并告知当事人依法享有的权利。充分听取当事人的意见后，作出行政处罚决定。
4. 执行与监督：行政处罚决定书送达当事人后，督促当事人履行生效的行政处罚决定。若当事人逾期不履行，将依照《行政强制法》的规定申请行政强制执行。

三. 实际案例

以旺苍县查处某医疗器械公司跨行政区域设置库房案为例，该公司擅自超越行政许可范围在旺苍县私自设库，最终被责令改正违法行为，并处罚款2万元。此案例进一步说明了医疗器械经营企业擅自异地设立库房的法律后果。

我建议医疗器械经营企业应严格遵守相关法律法规，不得擅自变更经营场所或库房地址，更不得擅自设立库房。如有变更需求，应依法向原发证部门提出变更申请，并提交相关资料。如有进一步需要，您可以继续咨询我。