您好，针对您提出的“公积金按最低标准最低比例缴纳是否合法”的问题，以下是我为您提供的详细解答：

首先，根据深圳市住房和建设局的官方答复，住房公积金的缴存基数有明确规定。对于新参加工作的职工，从参加工作的第二个月开始缴存住房公积金，缴存基数为职工本人当月工资。同时，住房公积金缴存基数不得低于市人力资源和社会保障部门公布的上一年度月最低工资标准，也不得超过市统计部门公布的上一年度全市在岗职工月平均工资的3倍。

关于您提到的公司按深圳市最低工资基数缴纳公积金的情况，如果您的基本工资高于最低工资标准，而公司却按照最低工资标准来缴纳公积金，那么这种做法是不合规的。因为按照规定，公积金的缴存基数应该是职工本人上一年度月平均工资或当月工资（对于新参加工作的职工），而不是简单地按照最低工资标准来缴纳。

此外，深圳市住房公积金单位及职工的缴存比例也有明确规定，下限各为5%，上限各为12%。单位可以根据自身实际情况在规定的缴存比例下限和上限区间内自行选择合适的缴存比例，但一个单位仅能确定一个缴存比例，且单位部分的缴存比例和个人部分的缴存比例应该相同。

综上所述，如果您的公司未按照您的实际工资基数和规定的缴存比例来缴纳公积金，那么这种做法是不合法的。您有权向公司提出质疑，并要求公司按照相关规定进行缴纳。如果公司不予理会，您可以向当地住房公积金管理部门进行投诉，以维护自己的合法权益。