是否废标需根据具体招标文件规定及实际情况判断，不能一概而论。以下是对此问题的详细分析：

1. 招标文件规定：

   • 首先，需要仔细查阅招标文件中关于投标文件签署的相关规定。招标文件通常会明确规定投标文件的签署要求，包括哪些文件需要法人签署，哪些文件可以代理人签署，以及签署的具体方式和要求。
   • 如果招标文件中明确规定投标文件正本封面必须由法人签署，而电子文档可以由代理人签署，那么按照此规定执行，则不会废标。但如果规定要求两者都必须由法人签署，或者对签署人有其他特定要求，那么未按照要求签署的投标文件可能会被视为无效，导致废标。

2. 实际情况分析：

   • 在实际操作中，如果投标文件的电子文档和正本封面分别由法人和代理人签署，但招标文件并未对此做出明确规定，或者规定存在模糊之处，那么是否废标就需要根据招标方的实际判断来决定。
   • 招标方可能会考虑投标文件的整体完整性、签署人的授权情况、投标文件的真实性和有效性等因素来综合判断。如果招标方认为虽然签署人不同，但并未影响投标文件的真实性和有效性，且符合招标的基本要求，那么可能不会废标。

3. 建议与注意事项：

   • 在参与投标前，务必仔细阅读并理解招标文件的所有规定，特别是关于投标文件签署的要求。
   • 如有任何疑问或不明确之处，应及时向招标方咨询并获取明确答复。
   • 确保投标文件的签署符合招标文件的要求，避免因签署问题而导致废标。

综上所述，投标文件的电子文档跟投标文件正本封面一个签的法人一个签的代理人是否会废标，需要根据具体的招标文件规定及实际情况来判断。因此，在参与投标时，应严格按照招标文件的要求执行，并密切关注招标方的相关通知和解释。