企业停产多年被法院拍卖了，抵押物和查封物有部分丢失，这种情况下，企业可能需要考虑以下几个方面的问题：

1. 抵押物和查封物丢失的责任归属：

   • 首先，需要明确抵押物和查封物丢失的具体原因。如果是因为法院的保管不善导致丢失，那么企业可以依据相关法律规定，向法院提出赔偿请求。
   • 如果丢失是因为其他第三方的原因（如盗窃、破坏等），企业可以报警并寻求法律途径追究第三方的责任。

2. 抵押权和查封效力的影响：

   • 抵押物的丢失可能会影响抵押权的实现。如果抵押物已经灭失，且没有替代物或者保险金等补偿措施，那么抵押权可能会因此消灭。
   • 查封物的丢失同样会影响查封的效力。如果查封物丢失，法院可能会因此解除查封，或者要求相关责任人承担赔偿责任。

3. 企业权益的维护：

   • 企业应当尽快与法院沟通，了解丢失的具体情况，并要求法院给出相应的处理意见。
   • 如果企业的权益受到损害，可以依法向法院提起诉讼，要求赔偿损失。

4. 后续法律程序的应对：

   • 企业需要密切关注法院的处理进展，并根据法院的要求提供相应的证据材料。
   • 如果涉及诉讼程序，企业应当积极应诉，维护自己的合法权益。

综上所述，企业停产多年被法院拍卖了抵押物和查封物有部分丢失，这是一个比较复杂的问题，涉及多个法律关系和责任主体。企业需要尽快与法院沟通，明确责任归属，并采取相应的法律措施来维护自己的权益。如果你在这个过程中遇到任何法律问题，都可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律帮助。