不能直接将通过软件取得的妻子通话记录作为证据使用。

在婚姻家庭纠纷中，证据的合法性、真实性和关联性是非常重要的。首先，从合法性的角度来看，通过非法手段或侵犯他人隐私权的方式取得的证据，如擅自使用软件获取通话记录，是违反法律法规的，这样的证据在法庭上通常不会被采纳。

其次，从真实性的角度来看，虽然通话记录本身可能真实反映了通话情况，但如果其获取方式不合法，那么这份证据的真实性也会受到质疑。因为非法获取的证据可能存在被篡改、伪造或断章取义的风险。

最后，从关联性的角度来看，即使通话记录与案件有一定的关联，但由于其获取方式不合法，这份证据也可能因为缺乏合法性而失去其证明力。

因此，在处理婚姻家庭纠纷时，建议通过合法途径收集证据，如通过协商、调解或诉讼等正式渠道来获取相关证据。如果你需要进一步的法律帮助或咨询，可以直接向我提问，我会根据你的具体情况提供专业的法律建议。