当甲方超付工程款时，可以采取以下步骤来处理这一问题：
一、初步沟通与核对
及时沟通：首先，甲方应与乙方（施工方）进行及时、友好的沟通，共同核对工程款的支付情况，明确超付的具体金额。
详细记录：在沟通过程中，应详细记录每一次的支付情况，包括支付时间、金额、支付方式等，以便后续核对和查证。
二、确认超付金额
核对合同：双方应重新核对合同中的工程款支付条款，确保对支付金额、支付节点等有清晰的认识。
审查证据：甲方应收集并审查所有与工程款支付相关的证据，如付款凭证、转账记录、收据、结算报告等，以确保超付金额的准确性。
三、协商解决方案
友好协商：在确认超付金额后，双方应尝试通过友好协商的方式解决问题。乙方应将超付部分返还给甲方，或者双方可以协商其他解决方案，如抵扣后续工程的款项等。
签订协议：如果双方达成协议，应签订书面协议，明确返还的金额、方式、时间等细节，以确保协议的合法性和有效性。
四、法律途径解决
发函催告：如果协商无果，甲方可以以书面形式向乙方发函，明确指出超付的工程款金额，并要求乙方在规定的合理期限内返还。
提起诉讼：若乙方收到函件后仍拒不返还，甲方有权向法院提起诉讼。在诉讼过程中，甲方需要提供能够证明超付工程款的相关证据，如合同、付款凭证、结算文件等。法院会依据事实和法律进行审理，一旦认定构成不当得利，就会判决乙方返还超付部分款项，并支付相应利息。
五、注意事项
保留证据：在处理超付工程款问题的过程中，甲方应始终保留所有相关证据，以便在需要时提供证明。
及时行动：发现超付工程款后，甲方应及时采取行动，避免问题拖延导致更大的损失。
咨询专业意见：在处理复杂或争议较大的超付工程款问题时，甲方可以考虑咨询律师或专业机构的意见，以获得更专业的帮助和指导。
综上所述，处理甲方超付工程款的问题需要双方进行友好沟通、确认超付金额、协商解决方案，并在必要时采取法律途径解决。在整个过程中，保留证据、及时行动和咨询专业意见都是非常重要的。