关于“挂靠公司自己交的那部分费用是否会退回”的问题，这主要取决于具体的挂靠协议内容以及相关的法律法规。下面我将从几个角度进行分析：

1. 挂靠协议内容：

   • 挂靠协议是双方自愿达成的，其中会明确双方的权利和义务，包括费用的支付、使用、退还等条款。
   • 如果挂靠协议中明确规定了在某些情况下（如挂靠关系终止、合同解除等）可以退还自己交的费用，那么按照协议执行即可。
   • 如果协议中没有明确规定，则需要进一步分析相关法律法规和实际情况。

2. 法律法规：

   • 在没有具体法律法规明确规定挂靠费用退还的情况下，一般需要依据《合同法》等相关法律原则来判断。
   • 根据《合同法》的规定，合同双方应当遵循公平、诚实信用的原则，如果挂靠关系的解除是由于挂靠公司的原因（如违约、欺诈等），那么你有权要求退还自己交的费用。
   • 如果挂靠关系的解除是由于你自己的原因（如主动放弃、违约等），则可能需要根据协议或法律规定承担相应的违约责任，此时费用退还的可能性较小。

3. 实际情况：

   • 除了协议和法律法规外，还需要考虑实际情况。比如，挂靠公司是否同意退还费用，双方是否能够协商达成一致等。
   • 如果挂靠公司同意退还费用，那么可以签订一份补充协议，明确退还的金额、方式、时间等条款。
   • 如果双方无法协商达成一致，则需要通过法律途径来解决争议。

综上所述，挂靠公司自己交的那部分费用是否会退回，取决于挂靠协议的内容、相关法律法规以及实际情况。因此，在处理此类问题时，建议首先查阅挂靠协议，了解双方的权利和义务；其次，咨询专业律师（比如我），了解相关法律法规和司法实践；最后，与挂靠公司进行协商，争取达成双方都能接受的解决方案。