当员工贪污3万元时，处理方式会根据员工的身份以及贪污行为的性质有所不同。以下是对此问题的详细解答：

一、员工身份与贪污行为性质的判断

1. 国家工作人员：

   • 若员工具有国家工作人员身份，其利用职务便利非法占有公共财物的行为，涉嫌贪污罪。
   • 处理方式：公司应收集相关证据（如财务记录、交易凭证等），向监察机关报案，由监察机关依法调查处理。

2. 非国家工作人员：

   • 若员工为非国家工作人员，其利用职务之便将本单位财物非法占为己有的行为，构成职务侵占。
   • 需要注意的是，职务侵占罪的刑事立案标准是6万元，因此3万元未达到此标准。
   • 处理方式：公司可通过民事诉讼要求员工返还该款项并赔偿损失。同时，公司有权依据内部规章制度对该员工进行纪律处分，如解除劳动合同。

二、具体处理流程

1. 证据收集：

   • 无论是国家工作人员还是非国家工作人员，公司首先需要收集足够的证据来证明员工的贪污行为。
   • 证据可以包括财务记录、交易凭证、监控录像、员工陈述等。

2. 报案或起诉：

   • 对于国家工作人员，公司应向监察机关报案，并提供相关证据。
   • 对于非国家工作人员，公司可以选择通过民事诉讼来追究其责任，要求返还贪污款项并赔偿损失。

3. 内部处理：

   • 无论是否选择报警或起诉，公司都可以依据内部规章制度对贪污员工进行纪律处分。
   • 处分措施可以包括警告、罚款、降职、解除劳动合同等。

三、注意事项

1. 法律程序：

   • 在处理员工贪污问题时，公司应遵守相关法律法规，确保处理过程的合法性和公正性。
   • 若选择报警或起诉，应积极配合相关部门的调查工作，并提供必要的协助。

2. 内部管理：

   • 公司应加强内部管理，建立健全的财务制度和监督机制，以预防类似事件的发生。
   • 同时，应加强对员工的法律教育和职业道德培训，提高员工的法律意识和职业道德水平。

综上所述，当员工贪污3万元时，公司应根据员工的身份和贪污行为的性质采取不同的处理方式。对于国家工作人员，应向监察机关报案；对于非国家工作人员，可通过民事诉讼追究其责任，并要求返还贪污款项和赔偿损失。同时，公司应加强内部管理，预防类似事件的发生。