在劳动关系中，基本工资的扣发必须遵循法律法规的严格规定。以下是对什么情况下会扣基本工资的全面分析：

1. 法定代扣：

   • 个人所得税：用人单位有义务根据税法规定，代扣代缴员工的个人所得税。
   • 社会保险和住房公积金：员工需承担部分社会保险（如养老保险、医疗保险、失业保险）和住房公积金的费用，这些费用会从工资中按比例扣除。
   • 法院判决或裁定：如法院判决或裁定要求代扣的抚养费、赡养费等，用人单位也需依法执行。

2. 因劳动者原因造成的经济损失赔偿：

   • 若劳动者因个人原因给用人单位造成经济损失，且双方劳动合同中有相关约定，用人单位可按照约定从劳动者工资中扣除赔偿金额。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。

3. 考勤违规：

   • 如员工迟到、早退或旷工，根据用人单位的考勤制度和相关规章制度，可能会扣除相应工资作为处罚。但扣除金额和方式需合理，且需遵循当地法律法规的限制。

4. 违反工作纪律或规章制度：

   • 员工若违反公司的保密规定、安全操作规范等工作纪律或规章制度，且这些制度中有明确规定违反者需承担的经济责任，用人单位可依据制度从工资中扣除相应金额。

5. 请事假：

   • 员工请事假期间，用人单位通常不支付事假工资，即按照事假天数折算后扣除相应工资。但扣除方式需遵循当地关于工资支付的相关规定。

需要注意的是，用人单位在扣发员工基本工资时，必须确保有明确的法律依据或规章制度支持，且扣发金额和方式需合理合法。否则，员工有权依法维护自己的合法权益。如你对具体扣发情况有疑问或认为扣发不合理，可及时向我咨询，我将为你提供专业的法律分析和建议。