当遇到三方协议中的公司违约时，您可以通过以下步骤来起诉公司，以维护自身的合法权益：

一、明确违约情况并收集证据

首先，您需要仔细审查三方协议的内容，特别是关于违约责任和违约方承担责任方式的约定。这将帮助您明确公司的违约行为以及应承担的责任。

接下来，收集相关证据是至关重要的。您需要保留三方协议的原件，这是起诉的基本依据。此外，任何能证明公司违约事实的书面通知、邮件、聊天记录等也应妥善保存。如果违约行为导致了您的经济损失，还需要提供损失证明，如费用清单、收据、银行转账记录等。

二、撰写起诉状

在收集了充分的证据后，您需要撰写一份起诉状。起诉状中应包含以下关键信息：

1. 原告和被告的详细信息，包括姓名、地址、联系方式等。
2. 诉讼请求部分，明确您要求公司承担的具体责任，如赔偿损失、承担违约责任等。
3. 事实与理由部分，详细阐述事情的经过，包括公司违约的具体事实、违约行为对您的影响以及您要求公司承担责任的依据。

三、确定管辖法院并提交起诉材料

通常，您可以选择向合同履行地或者被告住所地的法院提起诉讼。确定好管辖法院后，携带起诉状以及准备好的证据材料前往法院立案。在立案过程中，您需要按照法院的要求缴纳诉讼费。

四、等待开庭与判决

立案成功后，法院将受理您的案件并安排开庭时间。在等待开庭期间，您需要保持联系方式的畅通，以便法院及时通知您开庭时间。

开庭时，原、被告双方将按照法定程序进行举证、质证和辩论。您需要充分展示自己的证据和理由，以支持自己的诉讼请求。

法院会根据审理情况作出判决。如果您对判决结果不服，可以在规定期限内提出上诉。

五、执行判决

如果公司不履行生效判决，您可以向法院申请强制执行。法院将采取一系列措施来强制公司履行判决，从而维护您的合法权益。

总之，起诉三方协议中的违约公司需要您做好充分的准备和规划。通过明确违约情况、收集证据、撰写起诉状、确定管辖法院并提交起诉材料、等待开庭与判决以及执行判决等步骤，您可以有效地维护自己的合法权益。