债权人起诉公司股东承担补充责任是适用诉讼时效的。具体分析如下：

首先，根据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国公司法〉若干问题的规定（三）》的相关规定，债权人可以基于代位权向股东主张履行出资义务的权利。然而，这一代位权的前提是债权人对公司的债权未超过诉讼时效期间。换言之，如果债权人对公司的债权已经超过了诉讼时效，那么其代位权将无法得到支持，进而也就无法要求股东承担补充赔偿责任。

其次，从诉讼时效抗辩权的角度来看，公司股东在面临债权人要求承担补充赔偿责任的诉讼时，享有与公司对债权人相同的诉讼时效抗辩权。这意味着，如果公司可以因为债权人的债权超过诉讼时效而抗辩，那么股东同样可以以此为由进行抗辩。

最后，从实际案例来看，也有法院支持了公司股东对债权人的诉讼时效抗辩权。例如，在某案例中，法院认为债权人主张公司承担民事责任，并要求公司股东在未出资本息范围内承担补充赔偿责任的，公司股东享有公司对债权人的诉讼时效抗辩权。

综上所述，债权人起诉公司股东承担补充责任是适用诉讼时效的。如果债权人对公司的债权已经超过了诉讼时效，那么其要求股东承担补充赔偿责任的诉讼将可能面临被驳回的风险。因此，在实际操作中，债权人应当注意及时行使自己的权利，避免因为超过诉讼时效而丧失法律保护。