公司长期收大额居间费，应确保收费行为符合法律法规，并遵循合同中的相关约定。以下是对此问题的详细分析：

一. 确保居间费的合法性

1. 依法签订合同：根据《中华人民共和国民法典》第九百六十一条，中介合同是中介人向委托人报告订立合同的机会或者提供订立合同的媒介服务，委托人支付报酬的合同。因此，公司收取居间费应基于依法签订的合同，并确保合同中明确约定了居间费的标准和支付方式。
2. 避免违法行为：中介人在提供服务过程中，应如实报告与订立合同有关的事项，不得故意隐瞒或提供虚假情况，否则根据《中华人民共和国民法典》第九百六十二条，将不得请求支付报酬并应承担赔偿责任。

二. 处理长期大额居间费的建议

1. 审查合同条款：公司应定期审查与居间费相关的合同条款，确保条款的合法性和有效性。如果合同中没有约定居间费或约定不明确，应及时与对方当事人协商并订立补充协议。
2. 合规操作：在收取居间费时，公司应确保操作合规，避免涉及任何形式的违法违规行为。例如，不得通过虚构交易、虚报费用等方式骗取居间费。
3. 税务处理：对于收取的居间费，公司应依法进行税务申报和缴纳，确保税务合规。

三. 风险防范

1. 建立内控制度：公司应建立完善的内控制度，对居间费的收取、使用和管理进行规范，确保资金的安全和合规性。
2. 加强监管：相关部门应加强对公司收取居间费的监管力度，定期进行检查和审计，及时发现和纠正存在的问题。

我建议公司在处理长期大额居间费时，应严格遵守法律法规和合同条款，确保收费行为的合法性和合规性。同时，应加强内控制度和风险防范措施，确保资金的安全和有效使用。如有进一步需要，您可以继续咨询我。