课程超过有效期作废是否合法，需根据具体情况判断，主要看课程购买时双方是否有明确约定，以及商家是否存在违法行为。以下是详细分析：

一. 合同约定的有效性

1. 合同自由原则：根据《民法典》第四百六十五条，依法成立的合同，受法律保护。如果课程在购买时，双方已经明确约定了有效期，并且这一约定不违反法律法规的强制性规定，那么课程超过有效期作废就是合法的。
2. 约定明确性：关键在于合同或购买协议中是否对课程的有效期有清晰、明确的约定。如果约定模糊或未约定，则商家单方面作废课程可能构成违约。

二. 商家行为的合法性

1. 无违法行为：商家在课程有效期内提供课程服务，且在课程过期后按照合同约定停止服务，未有其他违法行为，则课程作废是合法的。
2. 存在违法行为：如果商家在课程有效期内未提供应有的服务，或者存在欺诈、误导消费者等行为，即使合同中有有效期约定，商家也不能单方面作废课程，否则将承担法律责任。

三. 消费者权益保护

1. 消费者权益：根据《消费者权益保护法》，消费者享有公平交易的权利。如果商家在课程有效期内未履行其义务，或者课程作废涉及消费者权益受损，消费者有权要求商家承担相应责任。
2. 维权途径：消费者可以通过与商家协商、投诉消费者协会或提起诉讼等方式维护自己的合法权益。

综上所述，课程超过有效期作废是否合法，主要取决于合同双方的约定以及商家的行为是否合法。如果合同中有明确约定，且商家行为合法，则课程作废是合法的。否则，消费者有权要求商家承担相应责任。我建议您在购买课程时，务必仔细阅读合同条款，了解课程的有效期及相关权益，以便在发生纠纷时能够有效维护自己的合法权益。如有进一步需要，您可以继续咨询我。