教育机构约定的课程有效期是否合法，主要取决于合同条款的约定以及相关法律法规的解读。以下是对此问题的详细分析：
一. 合同条款的约定
合法性基础：教育机构与学员之间签订的合同是双方共同意思表示的体现，其中关于课程有效期的约定应当明确且合法。如果合同中明确规定了课程的有效期，并且双方在签订合同时对此表示认可，那么这一约定在合同双方之间是具有法律约束力的。
实例说明：例如，某教育机构在其合同中明确约定了某门课程的有效期为一年，学员在签订合同时对此表示同意，那么这一约定在合同期限内就是合法的，双方均应遵守。
二. 相关法律法规的解读
国家层面法律：目前，国家层面并没有针对教育机构课程有效期制定专门的法律法规。但可以从《中华人民共和国教育法》和《中华人民共和国民法典》等法律中寻找相关依据。
《中华人民共和国教育法》主要规定了国家在教育领域的基本原则和制度，虽然并未直接涉及课程有效期的问题，但强调了教育活动的合法性和规范性，为判断课程有效期的合法性提供了宏观指导。
《中华人民共和国民法典》则对民事法律行为、合同等进行了详细规定。根据该法第五百六十五条的规定，当事人可以依法解除合同，但并未直接涉及课程有效期的设定。然而，从合同法的角度来看，如果教育机构与学员在合同中明确约定了课程有效期，并且这一约定不违反法律法规的强制性规定，那么这一约定应当是合法的。
地方性法规和政策：在实际操作中，一些地方性的教育行政部门或国家性的教育政策可能会对教育机构设置课程有效期提出具体要求。这些要求通常是为了保障教育教学质量，维护学生的合法权益。因此，教育机构在设置课程有效期时，应当参照这些地方性和国家性的规定，确保符合相关政策要求。
三. 教育机构的自律与监管
自律要求：虽然国家没有统一规定课程有效期的合法性，但教育机构作为提供教育服务的主体，应当加强自律，合理设置课程有效期。
监管责任：教育行政部门也应当加强对教育机构的监管，确保其在设置课程有效期时遵循教育法规和政策，不损害学生的合法权益。
综上所述，教育机构约定的课程有效期是否合法，主要取决于合同条款的明确约定以及是否符合相关法律法规和政策的要求。在签订合同时，双方应当明确课程有效期的具体条款，并确保这一约定符合法律法规的规定。如有进一步需要，您可以继续咨询我。