在当事人配合调查的情况下，可以采取证据先行登记。

证据先行登记保存是《行政处罚法》规定的一种证据保全措施，其目的在于防止证据损毁、灭失或以后难以取得。在当事人配合调查的情况下，行政机关为了确保证据的完整性、真实性和可追溯性，有权采取证据先行登记保存的措施。

具体来说，行政机关在调查过程中，如果发现证据可能灭失或者以后难以取得的情况，且当事人愿意配合调查，行政机关可以经行政机关负责人批准，对证据进行先行登记保存。这一措施包括将证据进行登记、造册、拍照、录像等，以确保其原始状态不被破坏，并在必要时进行封存。

同时，需要注意的是，证据先行登记保存并不等同于证据的扣押或没收，它只是一种临时的保全措施。在登记保存期间，行政机关应当妥善保管证据，不得损坏、丢失或篡改。并且，行政机关应当在法定期限内对登记保存的证据作出处理决定，如作为处罚依据、退还当事人或进行销毁等。

综上所述，在当事人配合调查的情况下，行政机关可以采取证据先行登记保存的措施，以确保证据的完整性和真实性。如果在实际操作中遇到相关问题或争议，建议咨询专业律师以获取更具体的法律意见和帮助。