在破产清算案件中，实物清偿时确定管理人报酬的过程需要遵循一定的法律规定和程序。以下是根据您提供的参考信息，对这一问题进行的详细解答：

一、管理人报酬的确定原则

管理人履行企业破产法规定的职责，有权获得相应报酬。管理人报酬由审理企业破产案件的人民法院依据相关规定确定。在确定管理人报酬时，人民法院会根据债务人最终清偿的财产价值总额，在规定的比例限制范围内分段确定。

二、报酬比例的具体规定

根据最高人民法院《关于审理企业破产案件确定管理人报酬的规定》，报酬比例的具体规定如下：

1. 不超过一百万元的，在12%以下确定；
2. 超过一百万元至五百万元的部分，在10%以下确定；
3. 超过五百万元至一千万元的部分，在8%以下确定；
4. 超过一千万元至五千万元的部分，在6%以下确定；
5. 超过五千万元至一亿元的部分，在3%以下确定；
6. 超过一亿元至五亿元的部分，在1%以下确定；
7. 超过五亿元的部分，在0.5%以下确定。

需要注意的是，担保权人优先受偿的担保物价值，不计入前款规定的财产价值总额。

三、实物清偿时的特殊处理

在破产清算案件中，如果涉及实物清偿，即管理人通过管理和处分破产财产，以实物形式向债权人进行清偿，那么管理人报酬的确定仍然需要遵循上述比例规定。人民法院会根据实物清偿的财产价值总额，按照规定的比例限制范围内分段确定管理人报酬。

四、报酬方案的确定与调整

1. 初步确定：人民法院受理企业破产申请后，应当对债务人可供清偿的财产价值和管理人的工作量作出预测，初步确定管理人报酬方案。管理人报酬方案应当包括管理人报酬比例和收取时间。

2. 公开竞争：如果人民法院采取公开竞争方式指定管理人，可以根据社会中介机构提出的报价确定管理人报酬方案，但报酬比例不得超出规定的限制范围。

3. 协商调整：管理人、债权人会议对管理人报酬方案有意见的，可以进行协商。双方就调整管理人报酬方案内容协商一致的，管理人应向人民法院书面提出具体的请求和理由，并附相应的债权人会议决议。人民法院经审查后，可以按照双方协商的结果调整管理人报酬方案。

4. 根据实际情况调整：人民法院确定管理人报酬方案后，可以根据破产案件和管理人履行职责的实际情况进行调整。调整后的报酬方案应当及时书面通知管理人，并向债权人委员会或债权人会议主席报告。

五、报酬的支付与优先性

管理人报酬从债务人财产中优先支付。如果债务人财产不足以支付管理人报酬和管理人执行职务费用的，管理人应当提请人民法院终结破产程序。但债权人、管理人、债务人的出资人或者其他利害关系人愿意垫付上述报酬和费用的，破产程序可以继续进行。垫付款项作为破产费用从债务人财产中向垫付人随时清偿。

综上所述，在破产清算案件中，实物清偿时确定管理人报酬需要遵循法律规定的比例限制和程序要求。人民法院会根据债务人最终清偿的财产价值总额和管理人履行职责的实际情况，合理确定管理人报酬方案，并确保其得到及时支付。