股权转让款由第三方代付是合法的，但这一行为需要符合相关法律法规，并且确保不涉及禁止性规定。以下是对此问题的详细分析：

1. 合法性基础：

   • 股权转让款的支付方式并没有严格的法律规定，因此由第三方代付并不直接违反法律。只要股权转让行为本身合法，且第三方支付款项的来源合法，不存在洗钱、逃税等违法行为，这种支付方式就是合法的。
   • 在实际操作中，股权转让款由第三方代付可能涉及多个法律主体和复杂的法律关系，因此需要谨慎处理，确保所有环节都符合法律法规。

2. 潜在风险与注意事项：

   • 税务风险：股权转让涉及税务问题，如果第三方支付款项未正确处理税务事宜，可能引发税务纠纷或面临税务处罚。因此，在由第三方代付股权转让款时，应确保税务处理合规。
   • 合同风险：股权转让通常涉及复杂的合同条款，包括支付方式、支付时间、违约责任等。如果由第三方代付股权转让款，应确保相关合同条款明确、合法，以避免后续纠纷。
   • 资金安全：第三方支付款项的资金安全也是需要考虑的问题。应确保第三方支付方具备足够的支付能力，且资金流转过程安全、可控。

3. 建议：

   • 在进行股权转让时，应咨询专业律师或会计师，确保整个过程的合法性和合规性。
   • 如果选择由第三方代付股权转让款，应签订明确的合同或协议，明确各方的权利义务和违约责任。
   • 关注税务问题，合理规划税务方案，避免税务风险。

综上所述，股权转让款由第三方代付是合法的，但需要在确保合法性和合规性的前提下进行。如果您有具体的法律问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。