当公司股东擅自拿走公司公章时，这无疑是对公司权益的一种侵害，因为公章是公司的重要财产，且其占有和使用必须基于合法的公司治理授权。针对这种情况，您可以采取以下步骤来处理：

1. 内部沟通与协商：

   • 首先，尝试与拿走公章的股东进行内部沟通，了解其拿走公章的原因和意图。
   • 阐明公章对公司运营的重要性，以及擅自拿走公章可能带来的法律后果和公司运营风险。
   • 尝试通过协商的方式，促使该股东主动归还公章。

2. 依据公司章程采取行动：

   • 如果内部沟通无果，公司可以依据公司章程的相关规定，通过股东会决议等合法程序，要求该股东归还公章。
   • 股东会决议应明确记载要求归还公章的决议内容，并依法送达给相关股东。

3. 法律诉讼：

   • 如果股东仍然拒绝归还公章，公司可以考虑向法院提起诉讼，要求判令股东返还公章，并赔偿因此给公司造成的损失。
   • 在诉讼过程中，公司应提供充分的证据证明股东擅自拿走公章的事实，以及这一行为对公司造成的具体损失。

4. 防止损失扩大：

   • 为了防止公司运营因公章缺失而蒙受更大损失，公司可以在诉讼过程中向公安机关报案，并说明具体情况。
   • 同时，公司也可以考虑按照法定程序申请重新刻制公章，如在报纸上进行遗失公告等。但这一步骤应谨慎进行，以确保不违反相关法律法规和公司章程的规定。

5. 公告与声明：

   • 为了避免股东在公章缺失期间以公司名义从事不当行为，公司可以在公开媒体上发布公告，声明该股东以公司名义所从事的行为由该股东承担全部责任。
   • 或者，公司也可以发布公告声明该公章作废，并前往工商局办理新公章的备案登记。

综上所述，处理公司股东擅自拿走公章的问题需要综合考虑公司内部治理、法律法规以及公司运营的实际需求。通过内部沟通、依据公司章程采取行动、法律诉讼以及防止损失扩大等措施，可以有效维护公司的合法权益和正常运营秩序。