合同撤销后，已交纳的增值税可以申请退还或者抵减后续应纳税额。具体处理方式分析如下：

一. 申请退还已交纳的增值税

1. 法律依据：根据《中华人民共和国税收征收管理法》第五十一条规定，纳税人超过应纳税额缴纳的税款，税务机关发现后应当立即退还；纳税人自结算缴纳税款之日起三年内发现的，可以向税务机关要求退还多缴的税款并加算银行同期存款利息，税务机关及时查实后应当立即退还。
2. 适用情形：合同撤销导致交易行为无效，若已就该交易行为缴纳了增值税，则属于“超过应纳税额缴纳的税款”，纳税人有权申请退还。

二. 抵减后续应纳税额

1. 操作方式：如果纳税人不愿意或者不方便立即申请退还，也可以选择将多缴的税款抵减后续应纳税额。
2. 注意事项：选择抵减后续应纳税额时，需确保后续有应纳税额可以抵减，且需按照税务机关的规定进行申报和抵减操作。

三. 实际操作流程

1. 准备材料：纳税人需准备合同撤销的相关证明材料，如撤销合同的协议、原始合同、缴税凭证等。
2. 提交申请：携带准备好的材料，向主管税务机关提交退税或抵减申请。
3. 税务机关审核：税务机关会对纳税人的申请进行审核，确认合同撤销的事实和已缴税款的情况。
4. 处理结果：审核通过后，税务机关会按照纳税人的选择，要么退还已缴税款，要么将税款抵减后续应纳税额。

• 例如，A公司与B公司签订了一份销售合同并缴纳了增值税，后双方协商撤销合同。此时，A公司可以向税务机关申请退还已缴纳的增值税，或者选择将多缴的税款抵减后续应纳税额。

综上所述，合同撤销后，已交纳的增值税可以通过申请退还或抵减后续应纳税额的方式进行处理。具体操作时，需按照税务机关的规定准备材料并提交申请。如有进一步需要，您可以继续咨询我。