公司保函通常由申请人保管，但在特定情况下也可能由受益人或其他指定方保管。以下是对此问题的详细分析：
一. 保函的基本概念
保函（Letter of Guarantee, L/G），又称保证书，是由银行、保险公司、担保公司或个人应申请人的请求，向第三方开立的一种书面信用担保凭证。它保证在申请人未能按双方协议履行其责任或义务时，由担保人代其履行一定金额、一定期限范围内的某种支付责任或经济赔偿责任。
二. 保函的当事人及其权责
保函的当事人主要涉及申请人、担保人和受益人。
申请人：通常是向银行或保险公司、担保公司申请开立保函的公司或个人。在保函业务中，申请人一般为实际施工方、服务商、供货商、投标人等单位。
担保人：是开立保函的机构或个人，如银行、保险公司、担保公司等。担保人承担在申请人违约时代为履行支付责任或经济赔偿责任的风险。
受益人：是保函的接收方，通常为业主方、总包方或代建管理单位等甲方单位。在申请人未能履行其责任或义务时，受益人有权依据保函向担保人索赔。
三. 保函的保管
通常情况：保函通常由申请人保管，因为申请人是保函的发起方，需要确保保函的安全和有效性。申请人可以在需要时向受益人或其他相关方提供保函的副本或原件。
特定情况：在某些特定情况下，如受益人要求或根据合同约定，保函可能由受益人或其他指定方保管。这有助于确保受益人在申请人违约时能够迅速获得保函并行使索赔权利。
四. 我的观点
公司保函的保管责任应根据具体情况和合同约定来确定。在一般情况下，由申请人保管保函是合理的安排，但在特定情况下，如受益人要求或根据合同约定，保函可能需要由受益人或其他指定方保管。无论由谁保管，都应确保保函的安全和有效性，以便在需要时能够迅速行使相关权利。
我建议公司在进行保函业务时，应仔细阅读合同条款，明确保函的保管责任，并在必要时与受益人或其他相关方进行沟通协商，以确保保函业务的顺利进行。如有进一步需要，您可以继续咨询我。