当羁押时间已经达到90天，但案件仍没有显著进展时，可能会出现以下几种情况：
变更强制措施：
- 此时，司法机关可能会考虑将羁押措施变更为取保候审或者监视居住，以保障犯罪嫌疑人、被告人的合法权益，并防止超期羁押的现象发生。
加快办案进度：
- 司法机关会加快工作节奏，尽早完成案件的审结。如果因为案件本身复杂或其他合理因素，在羁押期限到了时还未结案，就需要按照规定办理延长羁押的手续。
处理超期羁押：
- 超期羁押是违法的。犯罪嫌疑人、被告人及其法定代理人、近亲属或者辩护人，有权要求解除超期羁押的状态。
- 如果司法机关存在超期羁押的情况，相关责任人员可能会受到纪律处分，情节严重的还会承担法律责任。
综上所述，羁押90天后案子没有进展，司法机关会根据实际情况采取相应措施，如变更强制措施、加快办案进度或处理超期羁押问题，以确保司法程序的合法与公正。如果你或你的家属面临类似情况，建议及时与司法机关沟通，并咨询专业律师以了解具体的法律权益和应对措施。作为专业律师，我在婚姻家庭、刑事辩护领域有着丰富的经验，如有需要，可以直接向我提问。