因身体问题离职扣款是否合法，取决于具体的扣款原因和扣款方式，不能一概而论。下面我从几个角度为你详细分析：

1. 因病假或医疗期扣款：

   • 如果员工因身体问题需要休病假或处于医疗期内，根据《劳动法》和相关规定，用人单位通常不得随意扣减员工的工资。病假工资或医疗期工资有具体的计算标准，通常按照员工基本工资的一定比例支付。
   • 如果用人单位在员工病假或医疗期内非法扣款，员工有权向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁。

2. 因离职手续扣款：

   • 如果员工因身体问题提出离职，并且离职手续已经办理完毕，用人单位通常没有理由因身体问题而额外扣款。
   • 如果用人单位以身体问题为由，在离职时扣减员工工资，这可能构成违法行为。员工应保留相关证据，如离职证明、工资单等，以便在必要时维护自己的合法权益。

3. 其他情况：

   • 如果用人单位与员工之间就离职扣款存在争议，建议双方首先进行协商，明确扣款的具体原因和依据。
   • 如果协商无果，员工可以寻求法律援助，通过法律途径来维护自己的权益。

总之，因身体问题离职扣款是否合法，需要根据具体情况来判断。如果你遇到了类似的问题，建议保留好相关证据，并及时向我咨询，我会根据你的具体情况为你提供法律建议。