针对您提出的“黄灯后车轮越过了斑马线停下来会被扣分罚款吗”的问题，以下是我根据相关法律法规和常见执法实践为您提供的详细解答：

一、法规依据

1. 《中华人民共和国道路交通安全法实施条例》：该条例规定，黄灯亮时，已越过停止线的车辆可以继续通行。

二、具体情况分析

1. 已越过停止线的情况：

   • 如果您的车辆在黄灯亮起之前已经越过了停止线，并且由于惯性或其他合理原因停在了斑马线上，只要车辆没有继续移动，通常不会被认定为违反交通信号灯指示通行的违法行为，因此不会被扣分或罚款。

2. 未完全越过停止线而停在斑马线上的情况：

   • 如果您的车辆在黄灯亮起时尚未完全越过停止线，而是停在了斑马线上，这种行为在某些地区可能会被视为“不按规定行驶”或“越线停车”。具体的处罚措施（如扣分、罚款等）会因地区而异，需参考当地的交通法规和执法实践。一般来说，此类行为可能会被扣除2分左右的驾驶证分数，并处以20至200元不等的罚款。

3. 特殊情况：

   • 如果停在斑马线上的车辆妨碍了行人正常通行，根据《中华人民共和国道路交通安全法》的相关规定，您可能会因“遇行人正在通过人行横道时未停车让行”而被处以警告或二十元以上二百元以下罚款。

三、建议与注意事项

1. 密切关注交通信号：驾驶时应密切关注交通信号的变化，提前减速并做好停车准备，以避免因黄灯而产生的违规行为。

2. 了解当地交通法规：不同地区的交通法规和执法实践可能有所不同，建议您了解并遵守当地的交通规定，以确保自身行为的合法性。

3. 注意行人通行：在停车时，应特别注意不要妨碍行人通行，确保行人的安全。

4. 申诉权利：如果您对交通违章处罚有异议，可以通过申诉的方式来维护自己的合法权益。一般可以到当地交警部门办公大厅或者通过交通管理部门指定的线上渠道提交相关证据和申诉理由。

综上所述，黄灯后车轮越过了斑马线停下来是否会被扣分罚款，取决于车辆是否已越过停止线以及是否妨碍了行人通行。为避免不必要的麻烦和损失，建议您在行车过程中严格遵守交通规则，并密切关注交通信号的变化。