针对您提出的“绿灯闪灯过停止线后黄灯亮起，车辆停在斑马线上会怎么扣分”的问题，这确实是一个需要细致分析交通法规和具体情况的问题。以下是我为您提供的详细解答：
一、核心结论
黄灯亮时车辆停在斑马线上是否扣分，主要取决于车辆是否已越过停止线以及是否妨碍了行人通行。
二、具体情况分析
车辆已越过停止线：
- 根据《中华人民共和国道路交通安全法实施条例》的相关规定，当黄灯亮时，已越过停止线的车辆可以继续通行。这意味着，如果您的车辆在绿灯闪烁时已经越过了停止线，随后黄灯亮起，您选择停在斑马线上（而非继续前行），只要车辆不再移动，通常不会被视为违反交通信号灯指示通行的违法行为，因此不会被扣分或罚款。
车辆未越过停止线而停在斑马线上：
- 若您的车辆在黄灯亮起时尚未越过停止线，却选择停在斑马线上，这种行为虽然不被视为闯红灯，但在某些地区可能会被视为“不按规定行驶”或“越线停车”。具体的处罚措施会因地区而异，但可能会被扣除2分左右，并处以20至200元不等的罚款。
妨碍行人通行的情况：
- 无论车辆是否已越过停止线，如果停在斑马线上的车辆妨碍了行人正常通行，根据《中华人民共和国道路交通安全法》的相关规定，您可能会因“遇行人正在通过人行横道时未停车让行”而被处以警告或二十元以上二百元以下罚款。
三、建议与注意事项
密切关注交通信号变化：
- 在行车过程中，请务必密切关注交通信号的变化，提前减速并做好停车准备，以避免因信号变化而导致的违规行为。
了解并遵守当地交通法规：
- 不同地区的交通法规和执法实践可能存在差异，因此建议您了解并遵守当地的交通法规，以确保自身行为的合法性和安全性。
确保不妨碍行人通行：
- 在停车时，请特别注意不要妨碍行人通行，确保斑马线的畅通无阻。
对处罚有异议时及时申诉：
- 如果您对交通违章处罚有异议，可以通过正规渠道（如当地交警部门办公大厅或交通管理部门指定的线上渠道）提交相关证据和申诉理由，以维护自己的合法权益。
综上所述，黄灯亮时车辆停在斑马线上是否扣分，需根据车辆是否已越过停止线以及是否妨碍了行人通行来判断。为了确保行车安全和避免不必要的法律风险，建议您严格遵守交通规则，密切关注交通信号变化，并了解当地的交通法规和执法实践。