涉农企业虚开发票，将依法承担法律责任，包括没收违法所得、罚款，甚至可能构成犯罪而被追究刑事责任。具体处理如下：

一. 行政处罚

• 根据《发票管理办法》及相关规定，虚开发票的，将没收违法所得。
• 虚开金额在1万元以下的，可以并处5万元以下的罚款；虚开金额超过1万元的，并处5万元以上50万元以下的罚款。

二. 刑事处罚

• 根据《中华人民共和国刑法》第二百零五条，虚开增值税专用发票或者虚开用于骗取出口退税、抵扣税款的其他发票的，将处三年以下有期徒刑或者拘役，并处二万元以上二十万元以下罚金。
• 若虚开的税款数额较大或者有其他严重情节的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处五万元以上五十万元以下罚金。
• 若虚开的税款数额巨大或者有其他特别严重情节的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处五万元以上五十万元以下罚金或者没收财产。
• 该法条同样适用于为自己虚开、让他人为自己虚开、介绍他人虚开等虚开发票的行为。

三. 实际案例

• 例如，新疆伽师县人民法院审结的一起虚开增值税普通发票折抵税款案件中，被告人宋某因虚开增值税专用发票被判处有期徒刑十个月，缓刑一年，并处罚金人民币三万元。这体现了法律对虚开发票行为的严厉打击。

我建议：涉农企业应严格遵守税收征管法律法规，依法纳税，避免触碰法律底线。如已涉及虚开发票行为，应尽快补缴税款，退缴违法所得，并主动接受法律处理，以减轻法律后果。如有进一步需要，您可以继续咨询我。