公司章程修改时，股东恶意不到位，可依据公司章程或相关法律规定采取措施，必要时可提起诉讼。针对这一问题，我们可以从以下几个方面进行分析：

一. 公司章程的规定

1. 查看公司章程：首先，应详细查阅公司章程中关于股东出资、章程修改以及股东会议召开等相关条款。公司章程是公司内部管理的最高准则，对股东具有约束力。
2. 依据章程采取措施：如果章程中有明确规定股东恶意不到位时的处理办法，如罚款、剥夺表决权、强制转让股权等，公司可依据这些条款采取相应的措施。

二. 法律规定

1. 股东出资义务：根据《公司法》的相关规定，股东应当按期足额缴纳公司章程中规定的各自所认缴的出资额。股东恶意不到位，即未履行其出资义务，违反了法律规定。
2. 法律责任：对于恶意不到位的股东，公司有权要求其承担法律责任，包括但不限于补足出资、赔偿损失等。
3. 诉讼途径：如果股东恶意不到位且拒不改正，公司可通过诉讼途径维护自身权益。法院将根据公司章程、法律规定以及实际情况，作出相应的判决。

三. 实际操作建议

1. 沟通协商：在采取法律措施之前，建议公司先与恶意不到位的股东进行沟通协商，了解其不到位的原因，并尝试寻求解决方案。
2. 保留证据：在沟通过程中，公司应保留好相关证据，如会议记录、邮件往来等，以备后续使用。
3. 及时提起诉讼：如果沟通无果，公司应及时提起诉讼，避免损失进一步扩大。

综上所述，面对股东恶意不到位的情况，公司应首先查阅公司章程并依据其规定采取措施；同时，也可根据《公司法》的相关规定追究股东的法律责任。在实际操作中，建议公司先与股东进行沟通协商，并保留好相关证据；若沟通无果，则应及时提起诉讼以维护自身权益。如有进一步需要，您可以继续咨询我。