是的，违约扣除的百分之二十通常是指订金一万元的百分之二十。下面我来详细解释一下：

在合同纠纷中，当双方约定了违约金或违约扣除比例时，这个比例通常是基于已经支付的款项来计算的。在你提到的情境中，如果交了订金一万元，并且合同或协议中明确规定违约时将扣除订金的百分之二十作为违约金，那么这里的“百分之二十”就是指的订金一万元的百分之二十。

具体来说，如果发生违约情况，根据合同约定，违约方需要支付违约金，这个违约金的数额就是订金数额（一万元）乘以违约扣除比例（百分之二十），即：

违约金 = 订金数额 × 违约扣除比例
       = 10000元 × 20%
       = 2000元

所以，如果违约，将会扣除订金中的2000元作为违约金。

需要注意的是，具体的违约扣除比例和计算方式应以双方签订的合同或协议中的约定为准。如果合同中有其他相关条款或约定，也可能会影响违约金的计算。因此，在处理合同纠纷时，建议仔细审查合同条款，并咨询专业律师以获取更准确的法律意见。如果你有任何其他问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。